Cox Architecture團隊不是單純設計一座建築物本體，而是將博物館分解為長條型的建物分佈，就像是在朝向海灣停靠的船隻，Cox Architecture團隊稱這種形象化的設計就像是跳躍的鯉魚、珊瑚、海星與停泊在港口的大船，張開自己的雙手擁抱整個海洋世界。

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這種「雙手擁抱」的配置手法圍繞著中央的接待大廳，在三個展覽樓層和地下的儲存空間提供了挑空的垂直動線，因而形成了貫穿建築物並朝向海灣的視覺主軸，在展區內部，每一個展館都有特定的展覽主題，室內的鋼結構可以讓展區有大彈性的變化，室內材質選用淺色石材與白牆營造出明亮感，能夠在開放的中庭空間，與封閉的展廳形成鮮明的對比。